Doctorat financé sur le microbiome de la phyllosphère associé aux cultures

Description

Le laboratoire Leducq (Département de Phytologie, IBIS, CRIV, FSAA, Université Laval à Québec, Canada) est à la recherche d'un(e) candidat(e) motivé(e) pour un doctorat de quatre ans sur la diversité fonctionnelle et taxonomique du microbiome des cultures. La ou le candidat(e) bénéficiera d'un environnement de recherche dynamique, diversifié* et multidisciplinaire et acquerra de solides compétences en bioinformatique, génomique, écologie microbienne et phylogénie.

Chaque plante dépend d'une communauté de microbes (le microbiome) pour des fonctions cruciales. En agriculture durable, il existe un intérêt croissant pour utiliser les propriétés du microbiome des plantes au lieu d'intrants chimiques tels que les engrais et les pesticides. Notre laboratoire se consacre à l'étude de la diversité microbienne et des processus évolutifs qui influencent les fonctions des microbes et leur adaptation aux plantes, en se concentrant sur un groupe relativement peu étudié de bactéries associées aux feuilles (Hyphomicrobiales). Par exemple, Methylobacterium, un membre des Hyphomicrobiales, prospère dans la phyllosphère (la partie aérienne des plantes) et offre des fonctions vitales à son hôte, telles que des facteurs de croissance, la fixation de l'azote, la protection contre les agents pathogènes et les radiations UV.

Ce projet de doctorat s'appuie sur nos travaux récents sur le microbiome associé aux plantes dans des environnements naturels, maintenant appliqués à des cultures économiquement importantes au Canada (par exemple, le soja). Ce projet vise à (1) caractériser la diversité microbienne dans les cultures et (2) identifier les facteurs qui influencent la diversité fonctionnelle au sein de ces microbiomes. Pour atteindre ces objectifs, le ou la candidat(e) au doctorat développera des outils bioinformatiques pour analyser les données «omiques» de microbiomes des cultures, en mettant l'accent sur la phyllosphère, et sur des groupes de bactéries potentiellement impliquées dans des fonctions essentielles pour des cultures économiquement importantes au Canada.

Exigences et conditions

- Master en biologie, agronomie, écologie, bioinformatique, biologie moléculaire, évolution, biochimie et/ou microbiologie.
- Compétences en informatique et connaissances de base en langage de programmation (Python, Perl et/ou R).
- Autonomie, rigueur, créativité et ouverture d'esprit*.

Un minimum de 2 lettres de référence est requis (quand cela est possible, merci de donner la priorité aux lettres venant de chercheuses*)

*Dans la mesure du possible, notre laboratoire garantit un environnement de travail optimal et sûr à tous ses membres, dans le respect de la culture, du genre, des orientations sexuelles, des handicaps et des croyances de chacun.

**Les candidatures incomplètes ne seront pas considérées.